目前還沒有確切的證據表明益生菌可以治療腸道疾病，如克羅恩病、腸易激綜合征或便秘，以及腸絞痛和兒童過敏。吃什麼可以腸道好菌 ？是常見的問題，添加益生菌或益生元的嬰兒配方奶粉似乎不會對健康嬰兒造成傷害，但沒有足夠的證據表明它們能提供任何臨床益處。益生菌可能有助於減少健康兒童的特應性濕疹，盡管在推薦嬰兒配方中的益生菌幫助減少感染之前，還需要更多的研究。目前還不清楚益生菌或益生元是否能提供任何長期的過敏保護。
益生菌對兒童的影響-2
其他研究表明，與安慰劑相比，益生菌對預防健康兒童抗生素相關腹瀉有一定的效果。然而，沒有證據表明益生菌可以治療抗生素相關的腹瀉。 有一些初步證據表明，益生菌可能有助於預防出生體重超過1000克的嬰兒发生壞死性腸炎或腸組織死亡。